I. LC-MS
1. LC-ESI-QqQ-Massenspektrometrie (Agilent 6460)
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- Quantifizierung von Metaboliten
- Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
- Aufklärung von Metabolismuswegen
- Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
- Semiquantitative Bestimmung von Substanzklassen
- Überprüfung von Markierungsexperimenten
- Fluxanalytik
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2. LC-ESI-QqTOF-Massenspektrometrie (Agilent 96520A)
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- Metabolic Profiling: Datenbankrecherche und Datenbanksuchevon Metaboliten mit einer exakten Masse (Metlin-Datenbank)
- Strukturanalytik von unbekannten Verbindungen
- Erstellung von metabolischen Pathways
- Identifizierung von Modifikationen
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3. LC-ESI/APCI-Ionenmobilitäts-Massenspektrometrie (Waters Synapt HDMS)
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- Quantifizierung von Metaboliten
- Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
- Aufklärung von Metabolismuswegen
- Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
- Semiquantitative Bestimmung von Substanzklassen
- Überprüfung von Markierungsexperimenten
- Fluxanalytik
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4. LC-ESI-Orbitrap-Massenspektrometrie (Thermo Scientific LTQ Orbitrap XL)
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- Quantifizierung von Metaboliten
- Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
- Aufklärung von Metabolismuswegen
- Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
- Semiquantitative Bestimmung von Substanzklassen
- Überprüfung von Markierungsexperimenten
- Fluxanalytik
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5. nanoLC-ESI-Orbitrap-Massenspektrometrie (Thermo Scientific LTQ Orbitrap XL)
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- Quantifizierung von Metaboliten
- Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
- Aufklärung von Metabolismuswegen
- Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
- Semiquantitative Bestimmung von Substanzklassen
- Überprüfung von Markierungsexperimenten
- Fluxanalytik
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6. LC-ESI-QqTOF-Massenspektrometrie (Bruker Impact HD)
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- Quantifizierung von Metaboliten
- Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
- Aufklärung von Metabolismuswegen
- Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
- Semiquantitative Bestimmung von Substanzklassen
- Überprüfung von Markierungsexperimenten
- Fluxanalytik
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7. LC-ESI-Ionenfalle-Massenspektrometrie (Agilent 6340)
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- Quantifizierung von Metaboliten
- Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
- Aufklärung von Metabolismuswegen
- Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
- Semiquantitative Bestimmung von Substanzklassen
- Überprüfung von Markierungsexperimenten
- Fluxanalytik
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II. GC-MS
As a routine method we are profiling relative concentration changes in primary metabolites (sugars, sugar-alcohols, amino acids, organic acids and phosphorylated compounds). The mainly polar metabolites are extracted from the tissue, derivatised and the derivates are quantified and identified with an Agilent GC-Quadrupole-MS System, which can operate in EI and CI mode.
Several more targeted methods for analysing particular (also non-polar) compounds are developed in cooperation with the various users.
1. GC-EI/CI-Massenspektrometrie (Agilent 7890A/5975C)
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- Quantifizierung von Metaboliten
- Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
- Aufklärung von Metabolismuswegen
- Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
- Semiquantitative Bestimmung von Substanzklassen
- Überprüfung von Markierungsexperimenten
- Fluxanalytik
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Fig.1: Example Chromatogram for a GC-MS primary metabolite profiling in Physcomitrella patens
Fig.2: Example for a cluster analysis for the relative changes of metabolite concentrations in Ricinus communis under anoxia.
III. Kooperationen
1. GC-EI-Massenspektrometrie (Thermo Scientific ISQ LT) in Kooperation mit dem Institut für Organische Chemie, Uni Freiburg
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- Quantifizierung von Metaboliten
- Systematische Suche auf strukturhomologe Verbindungen
- Aufklärung von Metabolismuswegen
- Detektion von Minormetaboliten in komplexer Matrix
- Semiquantitative Bestimmung von Substanzklassen
- Überprüfung von Markierungsexperimenten
- Fluxanalytik
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